世界ではすでに体外受精で万を越す新生児が誕生しており、一般的に見ると、異常の率は自然妊娠とほとんど変わらないか、または、わずかに高い程度と考えられています。オーストラリアにおける結果では、660人の分娩児のうち、奇形率は2.4％で、自然妊娠の場合の1.8％に比べてわずかに高い数字を示しています。これは、おそらく体外受精による多胎妊娠によるものと思われます。また、体外受精では、高齢出産のケースが多いことも、数字を高くしている理由のひとつと考えられます。当クリニックでは、高齢妊娠の場合は、ときどき胎児がダウン（Down）症候群のような染色体異常を有する危険性が考えられるため、羊水穿刺による染色体分析をお勧めする場合があります。ただしこれは、何も体外受精による妊娠に限ったことではなく、自然妊娠の場合でもいえることです。詳しいことは担当医にお聞き下さい。

普通一般の治療と同様に、体外受精の治療においてもいくらかの危険が伴います。例えば、排卵誘発剤による卵巣刺激のため、ときに卵巣の腫大をきたします。これは、卵を含んだ卵胞の腫大によるためです。まれに卵巣腫大によって、下腹部痛や腹部の腫大・吐き気・軽度の腹水などを伴うことがありますが、ほとんどの場合、自然に症状がなくなります。また、採卵を行うときも、膣から採卵を行う場合は、全身麻酔の必要はありませんが不快感や合併症を伴うこともごく稀に見られます。採卵を行った場合、非常にまれですが、腹腔内出血などの合併症により開腹手術が必要になる場合があります。そのほか、最も問題になるのは、体外受精を行うという精神的ストレスです。それは、体外受精の治療が、その性格上、成功による喜びと失敗による失意とか、極端に現れるからでしょう。